위키 엔진은 위키의 기능을 작동시키는 프로그램이다. 문서를 저장하고 읽고 편집하는 과정을 처리한다. 문서와 문서 사이의 하이퍼링크를 실제 이동 경로로 만든다. 위키백과에서는 미디어위키가 그 역할을 맡는다. 새로운 질서 위키에서는 위키위키위키를 사용한다.
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